سابقه‌ تدريس علوم کشاورزی در شهر واخنينگن هلند به سال 1876 ميلادی بر‌می‌گردد و دانشگاه واخنينگن در سال 1918 (1297هجری شمسی) تاسيس گرديده‌است. اين دانشگاه قريب يک قرن مهمترين مرکز آموزشی-تحقيقاتی در زمينه‌ی علوم گياهی، علوم دامی، علوم زيست محيطی و مديريت منابع طبيعی، تکنولوژی کشاورزی و علوم اجتماعی بوده‌است.
اين دانشگاه در چند دهه‌ی اخير به عنوان يکی از معدود مراکز پيشرو در حيطه‌ی علوم زيستی و مديريت منابه طبيعی در سطح جهان مطرح گرديده است. دانشگاه واخنينگن در کنار ارتباطات وسيع بين‌المللی، نقش مهمی را در هر دو زمينه‌ی آموزش و تحقيق در جامعه‌ی هلند بر عهده دارد.

مرکز تحقيقاتی دانشگاهی واخنينگن يگانه مرکزی در کشور هلند است که تحقيقات بنيادی و استراتژيک را با آموزش درسطوح کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی درآميخته‌است. اين زيربنای گسترده کشور هلند را قادر می‌سازد که نياز فوری خود را در زمينه‌ی تخصصهای مربوط به کشاورزی، صنايع غذائي و مديريت منابع طبيعی برطرف سازد. مرکز دانشگاهی تحقيقاتی واخنينگن رو هدف عمده را همواره مد نظر داشته و دارد: غذا و محيط زيست.
حيطه‌ی فعاليت ما کل زنجيره‌ی توليد و توزيع غذا شامل تجارت فراورده‌های کشاورزی، توليد محصئلات کشاورزی غير‌غذائی، مسائل زيست محيطی و مسائل مبروط به نحوه‌ی استفاده از زمين را در بر ميگيرد. مباحثی چون امنيت غذا، کيفيت غذا و جنبه‌های تفريحی-توريستی استفاده از محيط زيست اخيرا مورد توجه محققين اين دانشگاه قرار گرفته است.
در کنار توليد دانش پايه، دانشگاه واخنينگن منبع مهمی از دانش و علوم کابردیست. در اين مرکز تاکيد زيادی برروی فراهم نمودن ترکيب درستی از دانش علمی و مهارت علمی که منجر به شکوفائی خلاقيت در زمينه‌های مختلف مي‌شود وجود دارد. به منظور تسهيل گردش اطلاعات بين دانشگاه و مراکز تحقيقاتی تحت پوشش اين دانشگاه، مرکز تحقيقاتی واخنينگن طرحی را در دست اجرا دارد که تمامی گروههای درسی-تحقيقی، محققين و اساتيد و دانشجويان همه در يک ساختمان عظيم و مدرن اسکان يابند.نخستين ساختمان اين طرح در سال 2006 ميلادی آماده‌ی بهره‌برداری خواهد بود. نهايتا، قابل ذکر است دانشگاه واخنينگن بصورتی فعال با ساير دانشگاهها و مراکز تحقيقاتی داخل و خارج از هلند ارتباطی مداوم داشته و مايل به گسترش دادن هرچه بيشتر آن است.

دانشگاه واخنينگن رشته‌های مختلف و متنوعی را در مقطع فوق ليسانس به دانشجويان و علاقمندان عرضه مي‌کند. زبان کليه دروس انگليسی ميباشد. سال تحصيلی در اين مقطع سپتامبر(شهريور) هر سال آغاز مي شود. کل دوره فوق ليسانس مجموعا 2 سال بوده و شامل 120 واحد درسی مي‌یاشد. هر واحد درسی بر مبنای ساعات تدريس سنجيده ميشود. يک واحد درسی تقريبا معادل 28 ساعت فعاليت آموزشی است. اغلب رشته‌های فوق ليسانس گرايشات و تخصص‌های ويژه‌ای را در بر می‌گيرد.